El organismo de lucha contra Godzilla encarga la construcción de Mogera, un monstruo gigante que tiene como objetivo contrarrestar los ataques de Godzilla. Sin embargo la llegada a la Tierra de un poderoso Godzilla Espacial se convierte en una amenaza superior al Godzilla original. Cuando el Godzilla espacial secuestra al Hijo de Godzilla, Mogera y Godzilla original se alían para vencer al villano.

El Dr. Shiragami combina el DNA de rosas con DNA extraido de células de Godzilla. El nombre de su creación: "Biollante".

Las Naciones Unidas reúnen la última arma para derrotar a Godzilla, mientras que los científicos descubren un huevo de pteranodon fresco en una remota isla japonesa.

Algo a destruido Birth Island, hogar de Godzilla y su hijo y pronto se descubre que la energía nuclear de Godzilla está fuera de control. Temiendo que Godzilla explote, la Fuerza G intenta congelarlo. Pero un nuevo problema surge al aparecer una horda de criaturas del tamaño de los humanos, creados por una combinación de las células de Godzilla y del arma que destruyo al Godzilla original.

Unos cazatesoros descubren una enorme bola blanca que resulta ser un huevo de Mothra, el dios guardián del Cosmos. Los investigadores deciden llevar el huevo a Japón, pero Godzilla, que ha despertado de su letargo debido al impacto de un meteorito gigante que cayó en la fosa del Pacífico donde dormía, sale a su encuentro... ¿Podrán los humanos sobrevivir a esta terrorífica lucha entre monstruos?...

Unas personas de un futuro distante llegan al Japón contemporáneo en una máquina del tiempo para advertir de la destrucción que Godzilla está a punto de desatar. Para prevenir la hecatombe, toman a un psíquico, un escritor y un científico y viajan al momento anterior en que se lanzó la bomba H, en 1944, y ven el Godzillasaurio (lo que era Godzilla antes de la mutación). Luego también aparecen King Ghidorah y Mecha King Ghidora, otros monstruos colosales, que agregan una pizca de pimienta al festín de monstruos en cuestión.

En el siglo XVIII, durante una noche de luna llena, una luz cegadora aparece en un bosque de bambú cerca de la capital japonesa. Un artesano y su mujer encuentran un precioso bebé en una cuna de oro, llevando en sus manos una brillante bola de cristal. El artesano vende la cuna de oro y construye una mansión lejos de la ciudad para esconder a la niña de los ojos de los demás, ya que crece tan rápidamente que todo el mundo dudaría que es humana. Pronto se extiende el rumor de la belleza de una misteriosa joven llamada Kana, y tres nobles, incluyendo un joven ministro, desean hacerla su esposa. Una noche, cuando la luna está completa, el cristal de Kana comienza a brillar y emite un inquietante sonido. Es un mensaje de su hogar, la luna. Kana debe partir la próxima noche de luna llena...